MODUL 2 PRAKTIKUM SAINS DATA

MODUL 2 PRAKTIKUM SAINS DATA

Kembali ke Sains Data

Outline:

• Regresi Linier Sederhana
• Regresi Linier Berganda

Regresi Linier Sederhana

Regresi Linear sederhana adalah regresi yang menggunakan satu variabel bebas untuk memprediksi variabel terikat yang nilainya bersifat kontinu.

Import Module

#import module dan package yang diperlukan
import matplotlib.pyplot as plt
import pandas as pd
import pylab as pl
import numpy as np
%matplotlib inline

Import Data

Pada module kali ini, akan digunakan data csv Fuel Consumption of CO2 (FuelConsumptionCo2.csv) yang bisa didownload dari:

• Kaggle

df = pd.read_csv('/content/FuelConsumptionCo2.csv')

#lihat cuplikan data dari dataframe
df.head()

	MODELYEAR	MAKE	MODEL	VEHICLECLASS	ENGINESIZE	CYLINDERS	TRANSMISSION	FUELTYPE	FUELCONSUMPTION_CITY	FUELCONSUMPTION_HWY	FUELCONSUMPTION_COMB	FUELCONSUMPTION_COMB_MPG	CO2EMISSIONS
0	2014	ACURA	ILX	COMPACT	2.0	4	AS5	Z	9.9	6.7	8.5	33	196
1	2014	ACURA	ILX	COMPACT	2.4	4	M6	Z	11.2	7.7	9.6	29	221
2	2014	ACURA	ILX HYBRID	COMPACT	1.5	4	AV7	Z	6.0	5.8	5.9	48	136
3	2014	ACURA	MDX 4WD	SUV - SMALL	3.5	6	AS6	Z	12.7	9.1	11.1	25	255
4	2014	ACURA	RDX AWD	SUV - SMALL	3.5	6	AS6	Z	12.1	8.7	10.6	27	244

Kali ini kita akan membuat model regresi linear untuk memprediksi nilai dari CO2EMISSION

Eksplorasi Data

Statistik deskriptif dari data frame

df.describe()

	MODELYEAR	ENGINESIZE	CYLINDERS	FUELCONSUMPTION_CITY	FUELCONSUMPTION_HWY	FUELCONSUMPTION_COMB	FUELCONSUMPTION_COMB_MPG	CO2EMISSIONS
count	1067.0	1067.000000	1067.000000	1067.000000	1067.000000	1067.000000	1067.000000	1067.000000
mean	2014.0	3.346298	5.794752	13.296532	9.474602	11.580881	26.441425	256.228679
std	0.0	1.415895	1.797447	4.101253	2.794510	3.485595	7.468702	63.372304
min	2014.0	1.000000	3.000000	4.600000	4.900000	4.700000	11.000000	108.000000
25%	2014.0	2.000000	4.000000	10.250000	7.500000	9.000000	21.000000	207.000000
50%	2014.0	3.400000	6.000000	12.600000	8.800000	10.900000	26.000000	251.000000
75%	2014.0	4.300000	8.000000	15.550000	10.850000	13.350000	31.000000	294.000000
max	2014.0	8.400000	12.000000	30.200000	20.500000	25.800000	60.000000	488.000000

Kita dapat memilih beberapa feature/kolom yang kita duga berpengaruh terhadap nilai dari CO2EMISSION

 #definisikan dataframe baru bernama cdf
cdf = df[['ENGINESIZE', 'CYLINDERS', 'FUELCONSUMPTION_COMB', 'CO2EMISSIONS']]
cdf.head(9)

	ENGINESIZE	CYLINDERS	FUELCONSUMPTION_COMB	CO2EMISSIONS
0	2.0	4	8.5	196
1	2.4	4	9.6	221
2	1.5	4	5.9	136
3	3.5	6	11.1	255
4	3.5	6	10.6	244
5	3.5	6	10.0	230
6	3.5	6	10.1	232
7	3.7	6	11.1	255
8	3.7	6	11.6	267

Mari visualisasikan sebaran datanya menggunakan histogram

#membuat histogram
viz = cdf[['CYLINDERS', 'ENGINESIZE', 'CO2EMISSIONS', 'FUELCONSUMPTION_COMB']]
viz.hist()
plt.show()

Selanjutnya, kita akan melihat hubungan antara ketiga kolom/feature dengan CO2Emission menggunakan scatter plot.

#scatter plot untuk fuelconsumption_comb
plt.scatter(cdf.FUELCONSUMPTION_COMB, cdf.CO2EMISSIONS, color = 'blue')
plt.xlabel("FUELCONSUMPTION_COMB")
plt.ylabel("Emission")
plt.show()

#scatter plot untuk enginesize
plt.scatter(cdf.ENGINESIZE, cdf.CO2EMISSIONS, color = 'blue')
plt.xlabel("Engine Size")
plt.ylabel("Emission")
plt.show()

 #scatter plot untuk cylinders
plt.scatter(cdf.CYLINDERS, cdf.CO2EMISSIONS, color = 'red')
plt.xlabel("Cylinders")
plt.ylabel("Emission")
plt.show()

dari ketiga visualisasi diatas, scatter plot Engine Size dan Fuel Consumption terlihat menarik untuk diteliti lebih jauh. Langkah selanjutnya kita akan membuat model untuk memprediksi Emisi CO2 (CO2 Emission) berdasarkan Ukuran Mesin (Engine Size) dan model untuk memprediksi Emisi CO2 (CO2 Emission) berdasarkan Konsumsi Bahan Bakar (Fuel Consumption)

Train-Test Set

Pertama tama, kita bagi data yang kita punya sebagai data latih (untuk melatih model) dan data uji (untuk menguji model).

Data uji diperlukan agar kita dapat melihat akurasi dari model yang telah dibuat.

Data latih dan data uji harus bersifat saling lepas (tidak memiliki irisan) agar memberikan gambaran peforma model terhadap data baru

#memisahkan data train dan test dengan perbandingan 8:2
msk = np.random.rand(len(df)) < 0.8
train = cdf[msk]
test = cdf[~msk]

Regresi Linear Sederhana (Engine Size vs. CO2 Emissions)

 #scatter plot dari data latih
plt.scatter(train.ENGINESIZE, train.CO2EMISSIONS, color = 'blue')
plt.xlabel("Engine Size")
plt.ylabel("Emission")
plt.show()

Membuat model

Untuk membuat model, kita akan menggunakan LinearRegression dari package sklearn

#import package sklearn dan modul linear_model
from sklearn import linear_model
#definisikan model regresi linier dengan nama 'regr'
regr = linear_model.LinearRegression()
#definisikan fitur/kolom yang akan di-fit kedalam model
train_x = np.asanyarray(train[['ENGINESIZE']])
train_y = np.asanyarray(train[['CO2EMISSIONS']])
#fit data training ke model regr
regr.fit(train_x, train_y)
#output koefisien dan intersepnya
print('Coefficients: ', regr.coef_)
print('y-Intercept: ', regr.intercept_)

Coefficients:  [[38.54948831]]
y-Intercept:  [126.65891652]

sehingga diperoleh fungsi: \(y = 38.549x+126.658\)

Selanjutnya, kita dapat visualisasikan fungsi diatas beserta scatter plot dari data latih.

plt.scatter(train.ENGINESIZE, train.CO2EMISSIONS, color = 'blue')
#visualisasi fungsi yang diperoleh
plt.plot(train_x, regr.coef_[0][0]*train_x + regr.intercept_[0], '-r')
plt.xlabel("Engine Size")
plt.ylabel("Emission")
plt.show()

Evaluasi Model

Tahap terakhir adalah membandingkan nilai aktual (nilai y yang ada pada data test) dengan nilai prediksi (nilai y setelah x test disubstitusikan ke fungsi yang telah diperoleh) Selisih nilai aktual dan prediksi disebut error.

Beberapa metriks/ukuran yang dapat digunakan utk evaluasi model: - Mean Absolute Error: Mean dari mutlak dari error. Paling mudah dipahami, sebab berupa kesalahan rata-rata. - Mean Squared Error (MSE): Rata-rata dari error kuadrat. Lebih populer daripada MAE karena fokusnya lebih diarahkan pada kesalahan besar. Ini karena suku kuadrat secara eksponensial meningkatkan kesalahan yang lebih besar dibandingkan dengan kesalahan yang lebih kecil. - Root Mean Squared Error (RMSE): akar dari MSE. - R-square (R-2) : metrik populer untuk mengukur kinerja model regresi. Mewakili seberapa dekat titik data dengan garis regresi yang dipasang. Semakin tinggi nilai R-2, semakin baik model tersebut sesuai dengan data. Skor terbaik adalah 1.0 dan bisa juga bernilai negatif.

#gunakan package sklearn.metrics utk melihat evaluasi model
from sklearn.metrics import r2_score
test_x = np.asanyarray(test[['ENGINESIZE']])
test_y = np.asanyarray(test[['CO2EMISSIONS']])
test_y_ = regr.predict(test_x)
print("Mean absolute error: %.2f" % np.mean(np.absolute(test_y_ - test_y)))
print("Residual sum of squares (MSE): %.2f" % np.mean((test_y_ - test_y) ** 2))
print("R2-score: %.2f" % r2_score(test_y, test_y_))

Mean absolute error: 24.75
Residual sum of squares (MSE): 1133.59
R2-score: 0.76

Regression (Fuel Consumption vs. CO2 Emission)

plt.scatter(train.FUELCONSUMPTION_COMB, train.CO2EMISSIONS, color = 'red')
plt.xlabel("Fuel Consumption")
plt.ylabel("Emission")
plt.show()

regr = linear_model.LinearRegression()
train_x = np.asanyarray(train[['FUELCONSUMPTION_COMB']])
train_y = np.asanyarray(train[['CO2EMISSIONS']])
regr.fit(train_x, train_y)
print('Coefficients: ', regr.coef_)
print('y-Intercept: ', regr.intercept_)

Coefficients:  [[15.99115452]]
y-Intercept:  [71.06166585]

sehingga diperoleh fungsi: \(y = 15.991x+71.061\)

plt.scatter(train.FUELCONSUMPTION_COMB, train.CO2EMISSIONS, color = 'red')
plt.plot(train_x, regr.coef_[0][0]*train_x + regr.intercept_[0], '-k')
plt.xlabel("Fuel Consumption")
plt.ylabel("Emission")
plt.show()

test_x = np.asanyarray(test[['FUELCONSUMPTION_COMB']])
test_y = np.asanyarray(test[['CO2EMISSIONS']])
test_y_ = regr.predict(test_x)
print("Mean absolute error: %.2f" % np.mean(np.absolute(test_y_ - test_y)))
print("Residual sum of squares (MSE): %.2f" % np.mean((test_y_ - test_y) ** 2))
print("R2-score: %.2f" % r2_score(test_y, test_y_))

Mean absolute error: 21.10
Residual sum of squares (MSE): 849.92
R2-score: 0.82

Berdasarkan perbandingan MAE, MSE dan R2-scorenya dapat disimpulkan bahwa model regresi linier Fuel Consumption vs. CO2 Emission lebih baik dari model regresi linier Engine Size vs. CO2 Emission.

Multiple Linear Regression

Regresi Linear sederhana adalah regresi yang menggunakan lebih dari satu variabel bebas untuk memprediksi variabel terikat yang nilainya bersifat kontinu.

#seperti biasa, kita lihat cuplikan data frame
df.head()

	MODELYEAR	MAKE	MODEL	VEHICLECLASS	ENGINESIZE	CYLINDERS	TRANSMISSION	FUELTYPE	FUELCONSUMPTION_CITY	FUELCONSUMPTION_HWY	FUELCONSUMPTION_COMB	FUELCONSUMPTION_COMB_MPG	CO2EMISSIONS
0	2014	ACURA	ILX	COMPACT	2.0	4	AS5	Z	9.9	6.7	8.5	33	196
1	2014	ACURA	ILX	COMPACT	2.4	4	M6	Z	11.2	7.7	9.6	29	221
2	2014	ACURA	ILX HYBRID	COMPACT	1.5	4	AV7	Z	6.0	5.8	5.9	48	136
3	2014	ACURA	MDX 4WD	SUV - SMALL	3.5	6	AS6	Z	12.7	9.1	11.1	25	255
4	2014	ACURA	RDX AWD	SUV - SMALL	3.5	6	AS6	Z	12.1	8.7	10.6	27	244

#ambil kolom/feature yang diduga berpengaruh terkait emisi CO2
cdf = df[['ENGINESIZE', 'CYLINDERS', 'FUELCONSUMPTION_CITY', 'FUELCONSUMPTION_HWY', 'FUELCONSUMPTION_COMB', 'CO2EMISSIONS']]
cdf.head(9)

	ENGINESIZE	CYLINDERS	FUELCONSUMPTION_CITY	FUELCONSUMPTION_HWY	FUELCONSUMPTION_COMB	CO2EMISSIONS
0	2.0	4	9.9	6.7	8.5	196
1	2.4	4	11.2	7.7	9.6	221
2	1.5	4	6.0	5.8	5.9	136
3	3.5	6	12.7	9.1	11.1	255
4	3.5	6	12.1	8.7	10.6	244
5	3.5	6	11.9	7.7	10.0	230
6	3.5	6	11.8	8.1	10.1	232
7	3.7	6	12.8	9.0	11.1	255
8	3.7	6	13.4	9.5	11.6	267

Train/Test Set

#memisah data uji dan data latih dgn perbandingan 8:2
msk = np.random.rand(len(df)) < 0.8
train = cdf[msk]
test = cdf[~msk]

#membuat model
regr = linear_model.LinearRegression()
#perhatikan pada x, dipilih beberapa feature/kolom sebagai variabel bebasnya. kali ini akan dibuat model
#berdasarkan ukuran mesin, banyak tabung, dan konsumsi bahan bakar
x = np.asanyarray(train[['ENGINESIZE', 'CYLINDERS', 'FUELCONSUMPTION_COMB']])
y = np.asanyarray(train[['CO2EMISSIONS']])
regr.fit(x, y)
print('Coefficients: ', regr.coef_)
print('Intercept: ', regr.intercept_)

Coefficients:  [[10.77193129  7.70821711  9.51766547]]
Intercept:  [64.90866441]

\(y=10.771x_1 + 7.708x_2 + 9.517x_3 + 64.908\)

Evaluasi Model

Explained Variance: Misal ŷ adalah prediksi, y adalah nilai aktual, dan Var adalah Varians (kuadrat dari standar deviasi).

\(\text{explainedVariance} (y,ŷ) = 1-\frac{\text{Var }y-ŷ}{\text{Var }y}\)

Skor terbaik adalah 1. Semakin rendah berarti kinerja model lebih buruk.

Residual Sum of Square (RSS): Sum dari error kuadrat. Semakin tinggi nialinya, maka kinerja model lebih buruk.

#evaluasi fungsi diatas
x = np.asanyarray(test[['ENGINESIZE', 'CYLINDERS', 'FUELCONSUMPTION_COMB']])
y = np.asanyarray(test[['CO2EMISSIONS']])
y_hat = regr.predict(test[['ENGINESIZE', 'CYLINDERS', 'FUELCONSUMPTION_COMB']])
print("Residual sum of squares: %.2f" % np.mean((y_hat - y) ** 2))
print("Variance score: %.2f" % regr.score(x, y))

Residual sum of squares: 462.42
Variance score: 0.88

/usr/local/lib/python3.10/dist-packages/sklearn/base.py:432: UserWarning: X has feature names, but LinearRegression was fitted without feature names
  warnings.warn(

Membuat Model Pembanding

‘FUELCONSUMPTION_COMB’ digantikan dengan ‘FUELCONSUMPTION_CITY’, ‘FUELCONSUMPTION_HWY’

regr = linear_model.LinearRegression()
#perhatikan pada x, dipilih beberapa feature/kolom sebagai variabel bebasnya. kali ini akan dibuat model
#berdasarkan ukuran mesin, banyak tabung, konsumsi bahan bakar dalam kota dan konsumsi bahan bakar luar kota
x = np.asanyarray(train[['ENGINESIZE', 'CYLINDERS', 'FUELCONSUMPTION_CITY', 'FUELCONSUMPTION_HWY']])
y = np.asanyarray(train[['CO2EMISSIONS']])
regr.fit(x, y)
print('Coefficients: ', regr.coef_)
print('Intercept: ', regr.intercept_)

Coefficients:  [[10.89417412  7.24796498  6.44569745  2.65762343]]
Intercept:  [66.53100166]

\(y=10.894x_1 + 7.247x_2 + 6.445x_3 + 2.657x_4 + 66.531\)

#evaluasi model diatas
x = np.asanyarray(test[['ENGINESIZE', 'CYLINDERS', 'FUELCONSUMPTION_CITY', 'FUELCONSUMPTION_HWY']])
y = np.asanyarray(test[['CO2EMISSIONS']])
y_hat = regr.predict(test[['ENGINESIZE', 'CYLINDERS', 'FUELCONSUMPTION_CITY', 'FUELCONSUMPTION_HWY']])
print("Residual sum of squares: %.2f" % np.mean((y_hat - y) ** 2))
print("Variance score: %.2f" % regr.score(x, y))

Residual sum of squares: 465.14
Variance score: 0.88

/usr/local/lib/python3.10/dist-packages/sklearn/base.py:432: UserWarning: X has feature names, but LinearRegression was fitted without feature names
  warnings.warn(

Berdasarkan Residual sum of square (RSS) dari kedua model, terlihat bahwa model regresi \[y=10.894x_1 + 7.247x_2 + 6.445x_3 + 2.657x_4 + 66.531\] memiliki performa sedikit lebih baik dibandingkan dengan model regresi \[y=10.771x_1 + 7.708x_2 + 9.517x_3 + 64.908\]